Санкт-Петербургская археологическая экспедиция была создана в 1994 г. при Северо-Западном филиале Российского научно-исследовательского института культурного и природного наследия им. Д.С.Лихачева. С 1996 г. по 2009 г. экспедиция действовала одновременно и в рамках Института истории материальной культуры РАН. После реорганизации с 2010 г. действует при АНО НИИ культурного и природного наследия. Задачи экспедиции: проведение работ по изучению, сохранению и использованию объектов культурного наследия на территории Санкт-Петербурга и его окрестностей.
Основные направления деятельности и научные темы экспедиции: Древняя история Приневья, предыстория Санкт-Петербурга, археология Санкт-Петербурга (XVIII-XXвв.), морская археология Финского залива и Северо-западного региона России.
Печатные издания экспедиции: «Археологическое наследие Санкт-Петербурга», «Изучение памятников морской археологии».
В результате работ экспедиции было выявлено и поставлено на Государственную охрану несколько десятков новых археологических памятников, включая подводные (впервые на территории Петербурга и в акватории Финского залива), сформированы музейные археологические коллекции, разработаны и осуществлены проекты музеефикации археологических объектов.
В числе археологических объектов, исследовавшихся экспедицией:
Неолитические стоянки на Охтинском мысу, в Подолье, в Сестрорецком Разливе и Лахте; поле Невской битвы 1240 г. в пос. Усть-Ижора, город Ниен с крепостью Ниеншанц, ижорские памятники XII-XVIIвв. в Приневье, Спасское село XII-XVII вв. в районе Смольного.
Петропавловская крепость, Летний сад, Летний дворец и домик Петра Великого, Екатерингофский дворец и парк, дворец и парк в Дальних дубках, здание Двенадцати коллегий, Михайловский замок и Михайловский сад.
Храмы Петербурга: Троице-Петровский, Введенский и Матвеевский соборы, церкви: Александра Невского в Усть-Ижоре, Рождества Божьей Матери Казанская, Рождества Христова на Песках, Спасо-Бочаринская, Спасо-Преображенская Колтовская, Покровская Рыбацкая;
Валаамский монастырь, Государева дорога в Карелии.
Затонувшие суда XVIII-XXвв. в акватории Финского залива, место Выборгского морского сражения 1790 г.
Санкт-Петербургская археологическая экспедиция выполняет следующие работы по изучению объектов культурного наследия:
- Осуществление фундаментальных научных исследований по программам Института культурного и природного наследия.
- Подготовка исторических справок.
- Предварительная экспертная оценка археологического наследия на отдельных участках,консультации.
- Проведение разведочных работ по выявлению объектов культурного наследия.
- Проведение охранных археологических раскопок в зонах строительства.
- Разработка проектов сохранения археологических объектов в зонах строительства.
- Участие в совместных проектах по изучению, сохранению и использованию объектов.